Il Santuario che appare oggi ai nostri occhi non può essere messo a confronto con quell'umile cappella che, secondo una diffusa tradizione, cominciò ad essere costruita nel lontano 5 Settembre 1496, ad appena un mese e mezzo dal fatto miracoloso.
"Tuttavia, l'edificio attuale porta con sé testimonianze di varie epoche, sovrapposizioni di stili e di elementi architettonici espressione di una secolare devozione.
FonteI primi attimi vissuti da Altino parlano di un entusiasmo di popolo e di uno straordinario accorrere di pellegrini. Sono appunto questi ultimi che, con celerità, elevano il primo "segno" in muratura per ricordare l'evento e per raccogliere il fresco scaturire delle acque".
Santuario dal 600 al 900 Tra la fine del 1500 e la prima metà del 1600 furono realizzati dei lavori importanti alla cappella originale dell'Oratorio; nome con cui era definito il Santuario.
E' possibile verificare anche oggi la data riportata sull'architrave della porta centrale di ingresso: 1611. In quell'anno l'Oratorio doveva già essere stato completato in tutta la navata principale. E' in questa forma che l'esterno del Santuario continuerà ad apparire sino alla fine del 1800.
Pala del Cavagna Nel 1598 venne collocata, nella nicchia dell'altare maggiore, la pala di Gianpaolo Cavagna rappresentante "La Discesa dello Spirito Santo". In un libro manoscritto dell'archivio Parrocchiale di Vall'Alta si trovano le testuali parole:
"Addì 2 maggio 1598 fu portato il quadro dello Spirito Santo fatto da Giov.Paolo Cavagna in Bergamo nello Borgo S.to Leonardo. Costò col suo telaro et la tela L.325,13".
L'opera del Cavagna rimase nell'altare maggiore sino al 1865, quando venne rimossa per far posto al simulacro che rappresenta il miracolo dell'apparizione della Madonna a Quinto Foglia e ai due figli.
